Mühendislik Fakültesine ya da Mühendislik Bölümlerine Bağlı Araştırma Merkezleri:

• Kıyı Liman Mühendisliği Araştırma Merkezi
• Deprem Mühendisliği Araştırma Merkezi
• Jeoloji ve Jeofizik Araştırma Merkezi
• Zemin Mekaniği ve Temel Mühendisliği Araştırma Merkezi
• Makine Tasarım ve İmalat Araştırma Merkezi (MATIMAREN)
• Özel Yapılar ve Yapısal İzleme Uygulama ve Araştırma Merkezi (ÖYAM)
• Ulaştırma Mühendisliği Araştırma Merkezi
• Su Kaynakları Mühendisliği Araştırma Merkezi

Dış Kurumlarla Faaliyet Gösteren Araştırma Merkezleri:

• Türk Hava Kuvvetleri - ODTÜ Ar-Ge ve İleri Eğitim Koordinasyon Merkezi
• ODTÜ - KOSGEB Teknoloji Geliştirme Merkezi (TEKMER)
• Uluslararası Isı ve Kütle Transferi Merkezi (ICHMT)
• TÜBİTAK Birimleri
• Uzay Teknolojileri Araştırma Enstitüsü (UZAY)
• Yüksek Enerji Astrofizik Araştırma Birimi
• SAGE Savunma Sanayi Kontrol Labaratuvarı